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Actualmente los ensayos microbiológicos más utilizados son las pruebas basadas en la detección de ácidos nucleicos y las pruebas basadas en la reacción antígeno-anticuerpo, y dentro de estás se pueden diferenciar aquellas que detectan antígenos o las que detectan anticuerpos (IgM/IgG).

Reacción en cadena de la polimerasa PCR.

La prueba más fiable para la detección de SARS-CoV-2 en las muestras de pacientes es la de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), por lo que debe ser considerada el procedimiento de elección y de referencia, ya que detecta la presencia del virus en muestras nasofaríngeas desde los primeros momentos de la infección (la muestra también puede ser el aspirado endotraqueal, broncoaspirado y el lavado broncoalveolar) y permite estudiar un gran número de pacientes por la posible automatización de los procedimientos. Además es más sensible y específica que los otros métodos hasta ahora disponibles y los laboratorios de Microbiología clínica disponen de la infraestructura necesaria para su realización.

La interpretación de la PCR se debe hacer con prudencia dentro del contexto clínico, sobretodo cuando esta es negativa.

Pueden aparecer falsos negativos en las siguientes circunstancias.

  • Toma inadecuada de la muestra (frotis nasofaríngeo).
  • Retraso en el transporte.
  • Error pre-analítico en el etiquetado de la muestra a lo largo del proceso.
    • Poca eliminación de virus por el paciente por el estadio del proceso o por la gravedad del mismo.

Para evitar estos errores, se recomienda incidir en la formación continuada del personal sanitario implicado en la recogida, transporte y procesamiento de las muestras. Además, en caso de elevada sospecha clínica y resultado negativo de la PCR su interpretación debe hacerse con prudencia, y se recomienda repetir el estudio.

Falsos positivos:

  • Error pre-analítico en el etiquetado de la muestra a lo largo del proceso.
  • Contaminación cruzada entre muestras durante el procesamiento.

Para evitar estos errores, se recomienda la contratación de personal con experiencia en Microbiología molecular e incidir en la formación continuada del personal sanitario implicado en el procesamiento de las muestras.

El procedimiento de PCR consta de dos partes: 1) extracción de ácidos nucleicos y 2) reacción de amplificación. Lo ideal es que ambos procesos estén automatizados para disminuir errores y aumentar la rapidez diagnóstica de todo el proceso.

Los laboratorios de Microbiología clínica deben disponer de suficiente material fungible compatible con la infraestructura de la que se dispone en cada centro, con objeto de hacer un diagnóstico rápido y fiable.

Se espera que en pocos días se podrá disponer de sistemas rápidos de PCR (menos de una hora) que permitirán el diagnóstico rápido y correcto de los pacientes. Los laboratorios deben tener acceso a dichas pruebas y disponer de los fungibles y aparatos necesarios para su puesta en marcha de forma inmediata. Algunas de estas pruebas ya tienen la aprobación de la FDA y se espera en un futuro inmediato del marcado CE.

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